Η ευρύτερη περιοχή των Ανωγείων φιλοξενεί ιδιαίτερης αξίας και εξαιρετικού ενδιαφέροντος ιστορικά στοιχεία με διαχρονικότητα που καλύπτει ίχνη ανθρωπίνων εγκαταστάσεων και παρουσίας από τη μινωική περίοδο έως και σήμερα. Η συνεχής παρουσία ανθρώπου οφείλεται στον πλούτο των ορεινών παραγωγικών δραστηριοτήτων που ακόμα και σήμερα αποτελούν τη βάση της τοπικής οικονομίας. Στα Ανώγεια επιβιώνουν χαρακτηριστικά με πανάρχαιες ρίζες, τόσο σε επίπεδο γλωσσολογικό όσο και σε επίπεδο της κοινωνικής συμπεριφοράς. 
Ο κτηνοτροφικός χαρακτήρας της Ανωγειανής κοινωνίας σε συνδυασμό με τις χειροτεχνικές βιοτεχνικές δραστηριότητες που στηρίζονται στην κτηνοτροφία απετέλεσαν το πλαίσιο της διατήρησης αυτών των ιδιαίτερων χαρακτηριστικών. Παρά το γεγονός λοιπόν ότι η περιοχή κατοικείται από πολύ παλιά δεν είναι ιστορικά εξακριβωμένο, πότε ακριβώς τέθηκαν τα πρώτα θεμέλια του οικισμού των Ανωγείων.

Παράλληλα τα αναρίθμητα αρχαιολογικά ευρήματα σε όλα σχεδόν τα σπήλαια των βουνών του νησιού, αποδεικνύουν το σημαντικό λατρευτικό τους ρόλο και τη θέση που κατείχαν στη Μινωική θρησκεία. Αξιοσημείωτο είναι το γεγονός ότι παρά το μεγάλο υψόμετρο, τις αντίξοες καιρικές συνθήκες που επικρατούν, αλλά και την ισχνή παραγωγική της αξία, η συγκεκριμένη περιοχή διαθέτει μια πληθώρα θέσεων μεγάλου αρχαιολογικού ενδιαφέροντος. Στο υψόμετρο άνω των 900μ. συναντά κανείς το Ιδαίον Άντρο, (Ι499μ.), αλλά και το Μινωικό Μέγαρο της “Ζωμίνθου” (IΙ87μ.), καθώς και άλλες λιγότερο γνωστές διάσπαρτες θέσεις στο οροπέδιο της Νίδας και την ευρύτερη περιοχή “Ζωμίνθου”. Επισημαίνεται, ότι στις ζώνες που παραπάνω μνημονεύονται και που σε πολλές από αυτές έχει γίνει αρχαιολογική έρευνα, δεν διαπιστώνεται η ύπαρξη απλώς λατρευτικών ή ταφικών ευρημάτων, αλλά και καταλυμάτων με παραγωγική υποδομή, όπως είναι ο χώρος της Ζωμίνθου. Τούτο σημαίνει ότι η περιοχή αυτή του Ψηλορείτη κατά την αρχαιότητα είχε οικονομικό ενδιαφέρον, όχι βέβαια τόσο για την ξυλεία, που θα μπορούσε να εξασφαλίσει με δυσχερείς, όμως, όρους μεταφοράς της, όσο για την κτηνοτροφική του σημασία. Παρά το γεγονός λοιπόν ότι η περιοχή κατοικείται από πολύ παλιά δεν είναι ιστορικά εξακριβωμένο, πότε ακριβώς τέθηκαν τα πρώτα θεμέλια του οικισμού των Ανωγείων.

Ο Γιώργης Σμπώκος, δάσκαλος και συγγραφέας αναφέρει “Πολλοί υποστήριξαν ότι οι πρώτοι οικιστές των Ανωγείων ήταν κάτοικοι της γειτονικής αρχαίας πόλεως Αξού και ότι στ’ Ανώγεια μετανάστευσαν οι πιο πολλοί κάτοικοι της ιστορικής αυτής πόλης μετά την καταστροφή της από τους Ενετούς. Άλλοι πάλι έχουν τη γνώμη ότι οι Ανωγειανοί είναι κατευθείαν απόγονοι των αρχαίων Κουρητών και Ιδαίων Δακτύλων.

Ο θρύλος αναφέρει ότι, αφορμή για τη δημιουργία του πρώτου οικισμού των Ανωγείων έδωσε η ανακάλυψη μικρής πηγής κάτω από την τοποθεσία “Κατσαμπάς” και λίγο πιο πάνω από τα πηγάδια “Πλάτανοι” του Περαχωριού. To μέρος εκείνο, όπως και ολόκληρη η περιοχή, όπως αναφέρθηκε, ήταν σύδεντρη και αδιαπέραστη και ιδιαίτερα στο σημείο αυτό, λόγω των πυκνών θάμνων. Κάποια μέρα όμως και κατά τον θρύλο πάντοτε, οι βοσκοί είδαν με κατάπληξη και ενθουσιασμό να βγαίνει μέσα από το σύδεντρο ένας τράγος του οποίου το γένι έσταζε νερό. Αυτό ακολούθως τους οδήγησε στην ανακάλυψη της πηγής και την εν συνεχεία θεμελίωση του πρώτου ποιμενικού οικισμού τους. Οι διάφοροι μελετητές θέτουν σαν αρχή οικήσεως των Ανωγείων τον 11ο αιώνα, χρησιμοποιώντας σαν κριτήριο τις τοιχογραφίες της παλιάς εκκλησίας του Αγίου Ιωάννη (1310-1330 μ.Χ.), συμπέρασμα κάπως αυθαίρετο, αφού δεν μπορούμε να διαπιστώσουμε αν χτίστηκε ο οικισμός και μετά από πολλά ίσως χρόνια χτίστηκε  η εκκλησία, ή αν η εκκλησία προϋπήρχε του οικισμού, ή αν ακόμα η αγιογράφηση έγινε μετά από αιώνες από το χτίσιμο της εκκλησίας.

Ιδιαίτερα όμως θα πρέπει να εξεταστεί και η περίπτωση, ότι τ’ Ανώγεια ήταν ένας από τους 15 περίπου αρχαίους και μεσαιωνικούς οικισμούς που έχουν επισημανθεί στην περιοχή και γύρω απ’ αυτά και που οι κάτοικοι τους απορροφήθηκαν από τον αναπτυσσόμενο και φύσει οχυρό οικισμό των Ανωγείων και των οποίων συγκέντρωση και συνέχεια αποτελεί το μεγάλο κεφαλοχώρι. Μάλιστα, σ’ έναν απ’ αυτούς τους οικισμούς, τα Κουνά, βρέθηκαν αγγεία τα οποία ανήκουν στην ελληνιστική περίοδο. Μερικοί από τους οικισμούς αυτούς εκατοικούνταν και μέχρι τον Ι9ον αιώνα και πιθανότατα τούτο επέτρεψε στον ιστορικό των Ανωγείων Εμμ. Χαιρέτη να μιλεί για “Ανώγεια Χωρία”. Η ονομασία Ξιγκανώγεια που προέρχεται από τις λέξεις Αξικά Ανώγεια, ίσως να οφείλεται όχι μόνο στην πιθανή ίδρυση των Ανωγείων από τους Αξικούς, αλλά στη θέση των “Ανωγείων Χωρίων” ευρισκόμενη στις πηγές και πρώτες διακλαδώσεις του Οάξη ποταμού.

Μάλιστα και η τοποθεσία περάσματος του ποταμού αυτού ονομάζεται σήμερα Ξικομπέραμα (Οαξικό πέρασμα). Η ονομασία αυτή έχει εκλείψει τελείως και ιδιαίτερα μετά το ολοκαύτωμα των Ανωγείων, δεδομένου ότι από τότε και προς διάκριση τους από τ’ άλλα Ανώγεια της Κρήτης ονομάζονταν “Τα καημέν’ Ανώγεια”. Η ίδρυση των Ανωγείων μάλλον πρέπει να τοποθετηθεί σε πολύ παλιότερα χρόνια. Ακόμη η λαμπρή ιστορία των Ανωγείων δεν περιορίζεται στους δυο τελευταίους αιώνες, για τους οποίους έχομε αρκετά και σημαντικά ιστορικά στοιχεία. Πιθανότατα επεκτείνεται σε πολύ παλιότερες περιόδους, ίσως πιο πέρα από την τουρκοκρατία, την ενετοκρατία και τη βυζαντινή εποχή με τη σαρακινοκρατία των 140 χρόνων. Τα μόνα που γνωρίζομε, μέχρι στιγμής, από την περίοδο της ενετοκρατίας είναι ότι, τ’ Ανώγεια ήταν το μεγαλύτερο χωριό του Μυλοποτάμου, ότι ακόμη Ενετοί εγκαταστάθηκαν σ’ αυτά και τα μόνα σημάδια που μαρτυρούν το πέρασμα τους είναι αρκετοί θρύλοι και παραδόσεις, το ενετικό κτίσμα του Τσίπουρα και λίγες από τις σωζόμενες αιωνόβιες καρυδιές, που αυτοί φύτεψαν, δίνοντας παράλληλα και την πρώτη σημαντική ώθηση στην ανάπτυξη της γεωργίας του χωριού.

Οι Ανωγειανοί ζώντας από τα πανάρχαια χρόνια, σχεδόν απομονωμένοι, στις ψηλές και δυσπρόσιτες κορφές του Ψηλορείτη, διατήρησαν στο πέρασμα των αιώνων αδιάφθορα τα ήθη, τα έθιμα, τις παραδόσεις, τον ανθρωπολογικό τους χαρακτήρα, τη γλώσσα τους που είναι γεμάτη από αρχαιοελληνικές λέξεις και την ιδιαίτερη και χαρακτηριστική δωρική προφορά τους που διατηρεί αρχαίες ελληνικές λέξεις, κυρίως ποιμενικές, όρκους κτλ. Απομονωμένοι σχεδόν πάνω στα βουνά τους και ενδογαμικοί, ως επί το πλείστον, διατήρησαν επί τόσους αιώνες, πατριαρχικά, από γενιά σε γενιά, αδιάφθορα τα ήθη τους και τον ανθρωπολογικό τους χαρακτήρα. Διαφέρουν ακόμη και στην προφορά. Προφέρουνε χαρακτηριστικά το λ ως ρ λέγοντας π.χ. τη λέξη γάλα – γάρα. Διαφέρουν ακόμη και στη νοοτροπία και σε μερικές περιπτώσεις και σ’ αυτή τη σωματική διάπλαση. Άνθρωποι γενικά υψηλόκορμοι και λεπτοί, διακρίνονται για τη σβελτοσύνη, τη σωματική δύναμη και αντοχή τους και στα προτερήματα τους αυτά αναφέρονται με ιδιαίτερο θαυμασμό οι διάφοροι συγγραφείς της κρητικής ιστορίας. Διακρίνονται ακόμη για το θάρρος και τη γενναιότητα τους και είναι φιλόξενοι και ειλικρινείς φίλοι. Είναι εξαιρετικά εύθικτοι και έχουν πολύ αναπτυγμένο το αίσθημα της τιμής και αξιοπρέπειας, τα οποία και υπερασπίζονται με κάθε μέσο και θυσία. Η συμπαράσταση και η αλληλοβοήθεια του ενός Ανωγειανού προς τον άλλο αποτέλεσαν και αποτελούν βασικές συνεκτικές δυνάμεις που ενώνουν και μετατρέπουν τους Ανωγειανούς σε μια ακατανίκητη μάζα, ιδιαίτερα μάλιστα σε ώρες συμφορών και κινδύνων.