Τα Ανώγεια έγραψαν σύγχρονη ιστορία κατά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο, με την ηρωική τους αντίσταση ενάντια στους Ναζί. Τον Αύγουστο του 1944 πραγματοποιήθηκε το 3ο ολοκαύτωμα των Ανωγείων (1822, 1867, 1944). Άρχισε τη 13η Αυγούστου και κράτησε μέχρι το τέλος του ίδιου μήνα. Τα Ανώγεια υπήρξαν κέντρο της αγγλικής κατασκοπίας και ταυτόχρονα κέντρο ανταρτών, ενώ επίσης εδώ οδήγησαν το γερμανό στρατηγό Φον Κράιπε οι απαγωγείς του για να τον φυγαδεύσουν. Για όλους αυτούς τους λόγους διατάχθηκε η ισοπέδωση των Ανωγείων και η εκτέλεση όλων των αρρένων κατοίκων του χωριού. Οι Γερμανοί στρατιώτες κατέστρεψαν εκ θεμελίων το χωριό με απίστευτη αγριότητα, λεηλάτησαν, ανατίναξαν σπίτια, σχολεία και τυροκομεία, εκτέλεσαν όσους κατοίκους δεν είχαν καταφύγει σε λημέρια ανταρτών σε δυσπρόσιτα σημεία του Ψηλορείτη και έκλεψαν τα κοπάδια των βοσκών των Ανωγείων.

ΔΙΑΤΑΓΗ

Του Γερμανού Στρατηγού Φρουράρχου Κρήτης

Επειδή η πόλις των Ανωγείων είναι κέντρον της Αγγλικής κατασκοπείας εν Κρήτη και επειδή οι Ανωγειανοί εξετέλεσαν τον φόνον του λοχίου φρουράρχου Γενί – Γκαβέ και της υπ’ αυτόν φρουράς και επειδή οι Ανωγειανοί εξετέλεσαν τα σαμποτάζ της Δαμάστας, επειδή εις Ανώγεια ευρίσκουν άσυλον και προστασίαν οι αντάρται των διαφόρων ομάδων αντιστάσεως και επειδή εκ των Ανωγείων διήλθον και οι απαγωγείς με τον στρατηγόν Φον Κράϊπε, χρησιμοποιήσαντες ως σταθμόν διακομιδής τα Ανώγεια, διατάσσομεν την ΙΣΟΠΕΔΩΣΙΝ τούτων και την εκτέλεσιν παντός άρρενος Ανωγειανού όστις ήθελεν ευρεθή εντός του χωρίου και πέριξ αυτού εις απόστασιν ενός χιλιομέτρου.

Χανιά 13-8-1944

Ο Στρατηγός Διοικητής Φρουρίου Κρήτης

Χ. ΜΙΛΛΕΡ

Την περίοδο του δεκαπενταύγουστου φιλοξενούνται στα Ανώγεια επετειακές εκδηλώσεις για το 3^ο Ολοκαύτωμα. Οι εκδηλώσεις περιλαμβάνουν μουσικά και χορευτικά δρώμενα, ομιλίες, θέατρο κ.ά. Συνήθως οι εκδηλώσεις φιλοξενούνται στις πλατείες του χωριού ή στο υπαίθριο ανοικτό θέατρο «Νίκος Ξυλούρης».
Τα Ανώγεια ανήκουν σήμερα στο Δίκτυο Μαρτυρικών Πόλεων & Χωριών της Ελλάδος Περιόδου 1940-1945, με διακριτικό τίτλο «Ελληνικά Ολοκαυτώματα».