Στην ευρύτερη περιοχή των Ανωγείων φιλοξενούνται όλα σχεδόν τα ζωικά είδη που συναντώνται στην Κρήτη, τόσο θηλαστικά όσο και τα πτηνά.

Στην περιοχή των Ανωγείων όπως και σε ολόκληρη την Κρήτη δεν υπάρχουν σαρκοφάγα θηλαστικά που να ανταγωνίζονται τον άνθρωπο (λύκος, τσακάλι κλπ.). Μοναδική εξαίρεση αποτελεί ο Αγριόγατος (Felis silvestris cretensis), o οποίος σύμφωνα με μαρτυρίες κτηνοτρόφων τρέφεται με αρνιά και κατσίκια μικρής ηλικίας αλλά ο πληθυσμός του είδους είναι τόσο μικρός που δεν αποτελεί απειλή. 

Γενικά τα πλέον συχνά σε παρουσία μεγάλα ζώα της περιοχής είναι ο Άρκαλος, ο Λαγός, ο Αγκαθοπόντικας, το Κρητικό κουνάβι, η Νυφίτσα και η Ζουρίδα.

Η περιοχή του Ψηλορείτη λόγω της γεωγραφικής της θέσης και της γεωλογικής της ιστορίας, συγκεντρώνει πανίδα που αποτελείται από στοιχεία με ετερόκλητη ζωογεωγραφική προέλευση, σημαντική πανίδα τόσο από ποιοτική, όσο και από ποσοτική άποψη. Ενδημικά, σπάνια και ιδιαίτερα πανιδικά στοιχεία, εμφανίζονται με ένα μοναδικό συνδυασμό.

Μοναδικά οικοσυστήματα στην περιοχή τα φαράγγια, στα οποία δημιουργείται ένα σπουδαίο καταφύγιο για αρκετά είδη ζώων που το χρησιμοποιούν ως χώρο φωλιάσματος, τροφοληψίας και ξεκούρασης. Οι σπηλιές αποτελούν επίσης εξαιρετικά ευαίσθητα οικοσυστήματα που φιλοξενούν εκτός από τα ασπόνδυλα και πολλές ομάδες σπονδυλοζώων με σημαντικότερη αυτή των Χειροπτέρων (νυχτερίδων).

Γενικά ο ενδημισμός στο επίπεδο των σπονδυλόζωων είναι πολύ μικρός. Αυτό οφείλεται στην γεωλογική και παλαιογεωγραφική εξέλιξη της περιοχής.

Τα περισσότερα από τα είδη που απαντώνται στην ευρύτερη περιοχή του Ψηλορείτη προστατεύονται από το Π.Δ.67/Ι98Ι και από Διεθνείς Συμβάσεις, ενώ επίσης περιέχονται στο Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλοζώων της Ελλάδας ως κινδυνεύοντα είδη, Τρωτά και Σπάνια. 

Ορνιθοπανίδα 

Η ορεινή περιοχή των Ανωγείων παρουσιάζει αξιόλογο ορνιθολογικό ενδιαφέρον, εξαιτίας των σημαντικών πληθυσμών και της ποικιλίας των πτηνών κυρίως των αρπακτικών που αναπαράγονται στα όρια της. Τα είδη που απαντώνται ταξινομούνται γενικά σε τρείς οικολογικές ομάδες: τα αρπακτικά, τα στρουθιόμορφα (εκπροσωπούν την πολυπληθέστερη ομάδα ειδών) και τα υπόλοιπα μη στρουθιόμορφα είδη. Ο Ψηλορείτης είναι περιοχή, σημαντική για τα αρπακτικά καθώς αναπαράγονται ο Γυπαετός Gypaetus barbatus, το όρνιο Gyps fulvus, ο Χρυσαετός Aquila chrysaetos, ο Σπιζαετός Hieraaetus fasciatus και ο Πετρίτης Falco peregrinus. Επίσης αναπαράγεται η Νησιωτική Πέρδικα Alectoris chukar και η Κοκκινοκαλιακούδα Pyrrhocorax pyrrhocorax. To καλοκαίρι εμφανίζεται ο Μαυροπετρίτης (Falco eleonora).

Γυπαετός 

O Γυπαετός (Gypaetus barbatus), είναι το σπανιότερο είδος γύπα στην Ευρωπαϊκή ήπειρο αλλά και στον ευρύτερο χώρο της Μεσογείου. Αποτελεί το μεγαλύτερο αρπακτικό σε μέγεθος ενώ το άνοιγμα των φτερούγων ξεπερνά τα 2,50 μ. To βάρος του σε σχέση με το μέγεθος του είναι μάλλον μικρό και κυμαίνεται ανάλογα με το φύλο σε 5-7 κιλά 

Eivαι είδος προτεραιότητας για την Ευρωπαϊκή Ένωση και προστατεύεται από την Κοινοτικής Οδηγίας 79/409/ΕΟΚ. Έχει επίσης καταχωρηθεί στα είδη που κινδυνεύουν με εξαφάνιση στο Ευρωπαϊκό και Ελληνικό Κόκκινο Βιβλίο Απειλούμενων Σπονδυλοζώων. Η Κρήτη φιλοξενεί σήμερα το μοναδικό βιώσιμο πληθυσμό Γυπαετού στην Ελλάδα με μόλις 4 αναπαραγωγικά ζευγάρια και όχι περισσότερα από 25 άτομα. Η μείωση του είδους ήταν δραματική τις τελευταίες δύο δεκαετίες και ειδικότερα στα τέλη της δεκαετίας του 1990. To είδος κατανέμεται σε όλους τους ορεινούς όγκους της Κρήτης (13 επικράτειες), αλλά δυστυχώς εκτός από τα αναπαραγωγικά ζευγάρια όλες οι υπόλοιπες περιοχές φιλοξενούν μοναχικά πουλιά χωρίς ταίρι. To μέσο μέγεθος επικράτειας είναι 350 τετρ. χιλιόμετρα όπου το είδος ψάχνει καθημερινά την τροφή του. Οι φωλιές βρίσκονται σε υψόμετρο που κυμαίνεται από 350-1.500 μέτρα, πάντα μέσα σε μικρές σπηλιές σε κάθετους βράχους.Κοκκαλάς είναι η τοπική ονομασία για τον γυπαετό ονομααία πολύ εύστοχη μιας κατ το πουλί αυτό τρέφεται σχεδόν αποκλειστικά με κόκαλα. 
Στον Ψηλορείτη (με παρουσία και στην περιοχή των Ανωγείων) υπήρχαν μέχρι πρόσφατα μόνο δύο άτομα, όμως τον Μάρτιο του 2000 θανατώθηκε ο ένας.

 
Όρνιο 

O Ψηλορείτης συνιστά ένα σημαντικό βουνό για την τροφοληψία του Όρνιου. Μεγάλες συγκεντρώσεις του είδους όπως 40-50 άτομα είναι συχνές, ειδικά το καλοκαίρι. To βουνό προσελκύει πουλιά από την ευρύτερη περιοχή του Ηρακλείου και του Ρεθύμνου αφού έχουν παρατηρηθεί νούμερα πολύ μεγαλύτερα από το σύνολο των ατόμων που ενδημούν και φωλιάζουν εντός των γεωγραφικών ορίων του βουνού. Για παράδειγμα πάνω από 100 άτομα έχουν παρατηρηθεί στο οροπέδιο της Νίδας σε πτώμα αλόγου. Ο Ψηλορείτης ωστόσο δεν αποτελεί σημαντικό βουνό για την αναπαραγωγή του είδους. Θέσεις κατάλληλες για φώλιασμα βρίσκονται εκτός της περιοχής Ανωγείων. Τα πουλιά δημιουργούν αποικίες και φωλιάζουν στην περιφέρεια του βουνού κοντά στα χειμαδιά των κοπαδιών. Με αυτό τον τρόπο αποφεύγουν τις αντίξοες καιρικές συνθήκες ενώ ταυτόχρονα βρίσκονται πιο κοντά στις τροφικές τους πηγές.

Χρυσαετός 

 H ευρύτερη περιοχή του Ψηλορείτη περιλαμβάνει τέσσερις επικράτειες Χρυσαετού. Η μια στο Βορειοανατολικό τμήμα του, έχει εγκαταλειφθεί από τη δεκαετία του 1970 και μόνο ανώριμα άτομα σε φάση διασποράς παρατηρούνται να αναζητούν τροφή. Μία δεύτερη βρίσκεται στο Ανατολικό τμήμα του και αφορά ένα αναπαραγωγικό ζευγάρι που συχνάζει στη περιοχή της κορυφής του Σκίνακα ενώ φωλιάζει σε γειτονικό φαράγγι σε υψόμετρο 900 μέτρων. Άλλη μία επικράτεια καταλαμβάνει το νότιονοτιοανατολικό τμήμα του βουνού και χρησιμοποιείται από ένα αναπαραγωγικοί ζευγάρι, ενώ μια τελευταία στο δυτικό κομμάτι του βουνού παραμένει κενή εδώ και 5 χρόνια. Ανώριμα ή μοναχικά ενήλικα άτομα παρατηρούνται σε αυτή την επικράτεια ενώ μία φωλιά, σε υψόμετρο 1200 μ. παραμένει ανενεργή όλα αυτά τα χρόνια. Η καταδίωξη το είδους από τον άνθρωπο είναι έντονη και το μοναδικό γεγονός που διασώζει το είδος είναι η σχετική αφθονία τροφής (πέρδικες κυρίως) και η ύπαρξη ανώριμων ατόμων, που καλύπτουν τις απώλειες των ενηλίκων.